在香港报馆任职的袁永定（万梓良饰）遇见一位前来刊登寻人广告的冷艳女子，但她又无钱付广告费。袁永定借故离开，不料那女子紧随而来。在闲聊中袁永定惊讶的发现此女子原是鬼魂。
早在30年代，她是香港石塘咀的红牌妓女如花（梅艳芳饰）。在那风月世界里，她爱上了人称十二少的陈振邦（张国荣饰），并谈论嫁娶之事。但是由于身份地位悬殊，婚事遭到陈家反对。陈振邦脱离家庭与如花同居，两人以胭脂匣定情。在二人同居后染食鸦片，陈振邦乃一纨绔子弟，无养家糊口的本领，渐渐经济拮据，于是如花计划与其吞食鸦片殉情。结果如花死去，而振邦被救活。
如花在黄泉久候不见十二少，故回阳间寻找。袁永定与女友无意中发现当年一张《骨子报》，发现振邦原在一家电影制片厂内充当制片场临时演员。十二少经岁月的折磨，早已穷困潦倒，对往事早已淡漠。如花伤心之余，将胭脂匣交还，回到阴间转世去了。
《胭脂扣》，仅听名字便让人感觉色彩十分浓郁，而整部电影里始终充斥着玫瑰色的氤氲，这是一个关于妓女与嫖客的爱情故事。妓女与嫖客，当你在口中念叨着这五个字之时，一定十分不屑，这样的两个人能产生爱情吗？不过是各自逢场作戏各取所需罢了，一个付出身体，一个付出金钱，你情我愿，本就是一桩生意，若其中掺杂着爱情，必无好结果。
如花在“下面”等了五十年却不见十二少来找她，便又重回人间来寻他。此刻如花业已成了一个鬼魂，他们殉情的日子是三月八日十一点--三八一一，这是他们两人之间的暗号，她苦苦寻觅有关这个暗号的一切却始终无果，却意外得知十二少并没有死，他被人救活了。如花失望至极，十二少终究是怕， 他扔下她一人，让她赴死，而他独留人间，她等了他五十年，他怎么可以没有死？他是胆小鬼，他是骗子，他是负情人。
但十二少并非薄情郎，从头至尾他都是真心实意地爱着如花，他为了她难道牺牲得还不够多吗？不是只有死亡才能够证明爱，活着的人，比死的人更难受。蝼蚁尚且贪生，为人何不惜命？没有几人是真正有勇气寻死的，何况十二少的余生不比死更好，他醒来以后没有怪如花故意投下的安眠药，反而觉得愧对如花，他的余生都在思念与愧疚中度过，与表妹成亲，父亲死后不久便败光家财，儿子离弃，无奈又重返梨园唱戏，却终生只是配角，再后来便给剧组做临时演员，甚至连一个住处都没有，他从翩翩公子变成一个糟老头，就只为了一个如花。
五十三年后，十二少与如花再次重逢，如花将胭脂扣还给十二少，她说：“十二少，谢谢你还记得我，这个胭脂盒我挂了五十三年，现在还给你，我不再等了。”于是便头也不回地离开，十二少追随如花大声喊着：“如花，如花，原谅我......”我的眼泪终于夺眶而出，我怪如花，为何到最后还是不肯对十二少说一句，我已原谅你。为何不肯让十二少在剩下的日子里少一些愧疚，如花啊如花你为何到最后还是如此自私？结尾十二少还说，"又留下我，让我受罪。"
从前看的时候，我只顾着心疼如花，现在我才觉，活着的人其实更加痛苦。你们觉得呢？