熙宁五年,周敦颐不幸感染了瘴疠,辞官归隐定居在庐山莲花峰下,他将母亲的坟墓也从润州迁来葬在离他居所很近的地方。他将门前的小溪正式命名为家乡的“濂溪”。定居于江西庐山濂溪书堂。
熙宁六年(1073年)六月七日,病死于庐山濂溪书堂,终年五十七岁。
嘉祐八年(1063年)的5月,周敦颐应邀与一群文朋诗友游玩聚会。兴之所致,大家便相约写诗作文。周敦颐一气呵成挥笔而就一篇一百一十九字的散文,就是名传后世的《爱莲说》。
水陆草木之花,可爱者甚蕃。晋陶渊明独爱菊。自李唐来,世人盛爱牡丹。予独爱莲之出淤泥而不染,濯清涟而不妖,中通外直,不蔓不枝,香远益清,亭亭净植,可远观而不可亵玩焉。
予谓菊,花之隐逸者也;牡丹,花之富贵者也;莲,花之君子者也。噫!菊之爱,陶后鲜有闻;莲之爱,同予者何人? 牡丹之爱,宜乎众矣。