在同治九年，又发生了两江总督、封疆大吏马新贻被刺的要案，真是朝野震惊，举国倾注。事情发生在同治九年七月二十六日上午，马新贻校场阅兵完毕，返回督署的路上，为刺客张文祥所杀。刺客并不逃走，高喊：“刺客是我张文祥！”让那班怕死的卫士捉拿。这个案子发生后，清廷十分惊恐，知道此案涉及封疆大臣的内幕亵闻，于脸面上大不光彩。因此，只能掩盖矛盾，粉饰门面。慈禧太后为了维系她摇摇欲坠的统治，亲自出面处理此案。把正在天津处理教案的大员 曾国藩，调来审理这个案件。又在曾国藩出发前夕，召见了他，面授机宜，说“马心仪办事很好”，为此案定了调子。这还不放心，一周之内，又连连派出大员参与审案。 刑部尚书郑敦谨，也奉旨与曾国藩同审。经过一番紧锣密鼓，终于为张文祥定了一个“漏网发逆”和“复通海盗”的罪名，将张文祥处决，剜了张文祥的心，去祭奠这位马新贻，又厚厚的于以抚恤。一句话，马心仪是一个好官，张文祥是一个发逆。
"刺马案"之所以成为"清末四大奇案"之一，主要是它的审案过程比较离奇，不仅措辞含混，而且曾国藩一直阻挠查清真相。
据《清史稿》等史料记载，马新贻很能干，"民意调查"评价也很高。在他死后，安庆、海塘、杭州等地都建祠纪念他。而南京本地民众为了纪念他，将他曾经住过的一条街改名，就是现在的马台街。
在正史上，马新贻的确是个不错的好官。当时官方的结案版本中，也没有说出马新贻的"不"字。之所以最后演变成了清末四大奇案，都因为此案的审理过程实在是太奇怪。在审案过程中，案犯张文祥供词闪烁，主审大员奏案含糊，一拖半年之久都不能结案。清廷为此连发四道谕旨，要审出行刺的缘由以及是否有人主使--当时显然已经怀疑非张文祥一人所为。
张文祥在刺马现场未能逃脱，被抓了起来。首先由江宁将军魁玉和藩司梅启照等人审讯，但所奏不过是案犯"言词闪烁"、"一味支离"等话。朝廷先后加派漕运总督张之万、刑部尚书郑敦谨赴江宁审案，同时敦促曾国藩急任两江总督主持大局，但也始终查不出"幕后主使"是谁。
"当时审判官员上报给朝廷的张文祥的杀人动机，是因为马新贻在浙江当巡抚时打击过当地海盗，张文祥就是当时的打击对象，他是为了报复而行刺马新贻。"郭老师介绍说。当时对张文祥量刑非常残酷，除了"按谋反大逆律问拟，拟以凌迟处死"外，又增加了一条"摘心致祭"。但奇怪的是，结案文书中，行文时竟用"尚属可信"四字，这表明虽然开始清廷还有所斥责，但后来也不得不接受。
两江总督马新贻被刺后，他的墓志铭是这样写的：“贼悍且狡，非酷刑不能得实，而叛逆遗孽刺杀我大臣，非律所有，宜以经断用重典，使天下有所畏惧，而狱巳具且奏！衣言遂不书‘诺呜呼！衣言之所以力争，亦岂独为公一人也哉？”这篇文章一出，外界才知别有隐情。
最后，清政府给张文祥定的罪是 “私通海盗”，并处以剖心凌迟。
关于此案，民间坊言更是众 说纷纭。“刺马案”距今已有138年，到现在这宗刺杀案依旧 真相难觅。
据刺客供称，他叫张文祥，46岁，河南人。道光二十九年（1849年）南下宁波贩卖毡帽，当过四年太平军，其间救过一个叫时金 彪的清军俘虏。后来看到太平军势力不支，与时金彪趁机逃出，辗转 回到宁波，与南田海盗团伙往来亲密。他交代的杀人动机有三点：一是他回到宁波后发现自己的老婆和钱财被一个叫吴炳燮的霸占了，于是找到时任浙江巡抚的马新赔拦轿喊冤，马未受理。他只好到宁波府 告状，虽然要回了妻子，但是钱没有追回来，气急之下，逼老婆吞烟 自尽，马应该对他的不幸负责；二是他的很多海盗朋友被马巡抚捕杀， 海盗们说他最讲义气，应该杀马新贻为朋友报仇，同时也泄私愤；三是他私自开的“小押”（重利盘剥的典当行）生意被马巡抚明令禁止，绝了他的生路，加深了他对马的愤恨。新仇旧恨加在一起终于使张文 祥动了杀心，一路跟随马新贻从浙江到了福建、江苏，两年之后终于找到机会将其刺杀。
这份供词漏洞百出，却是官方认可的定谳，白纸黑字，签字画押， 尚存于台北故宫博物院。
张文祥刺马不惜性命处心积虑两年，就出于这么简单的动机？显 然不能服众。因此从马新贻被刺起，关于张文祥的杀人动机就有很多 种说法。
有人说，当张文祥、马新贻、吴炳燮三人年轻时，曾歃血为盟， 结为金兰之好。后来，张文祥、吴炳燮之妻各以美艳之故，俱为马新 贻所奸污霸占。这样一来，张文祥所报则为占妻之仇。如政论家汤增 璧先生即持此说，“马新贻督于两江，秽行昭着，戕贼旧交，艳其室而 夺之。有义烈沉毅如张文祥者，磨刀霍霍，天鉴其衷，大仇已复，从容自首，决腹屠肠，神色为之不挠。”